Tout aussi importante est la détermination de l’origine géographique, qui nécessite une connaissance approfondie de la géologie, les roches mères jouant un rôle formateur pour les pierres de couleur. Comme de nombreux gisements, qui ont fourni des pierres de couleur particulièrement belles sont déjà épuisés ou le seront bientôt, la valeur de ces pierres a énormément augmenté. Ce sont des saphirs du Cachemire et de Birmanie, des rubis et des spinelles de Mogok (« la vallée des rubis en Birmanie ») ou des émeraudes de Colombie. L’origine d’une pierre précieuse de couleur peut souvent être prouvée par ses inclusions typiques.