Ebenso wichtig ist die geographische Herkunftsbestimmung, wozu umfassende Kenntnisse der Geologie notwendig sind, da bei den Farbedelsteinen die Muttergesteine eine prägende Rolle spielen. Weil viele Edelstein-Lagerstätten, welche besonders schöne Farbsteine geliefert haben, bereits erschöpft sind oder bald erschöpft sein werden, ist der Wert solcher Steine enorm gestiegen. Es handelt sich dabei um Saphire aus Kaschmir und Burma, um Rubine und Spinelle aus Mogok, dem Tal der Rubine in Burma oder um Smaragde aus Kolumbien. Die Herkunft eines Farbedelsteins kann oft anhand von typischen Einschlüssen nachgewiesen werden.